Con la Skid distrutta e un'enorme quantità di Replike di XANA ingestibili, Jeremy continua a lavorare al suo sistema multi-agente. Nel frattempo, Aelita ha degli incubi, nei quali vede suo padre mentre viene ucciso da XANA. Jeremy viene contattato da Franz Hopper, che organizza un incontro su Lyoko. William vuole aiutarli, ma tutti tranne Aelita sono un po' preoccupati e non sanno se fidarsi di nuovo di lui. William è quindi lasciato in laboratorio con Jeremy. Dopo l'incontro, Franz trasmette i dati necessari per completare il sistema multi-agente di Jeremy. Tuttavia, XANA non è disposto a rinunciare senza lottare: attivando una torre possiede William, ancora una volta invia il Kolosso per affrontare Franz. Yumi si devirtualizza volentieri per combattere William mentre gli altri proteggono Franz. Una volta che Franz ha terminato la trasmissione dei dati, Aelita e Odd si recano nel quinto settore per finire il programma.