Malgrado Aelita sia ormai diventata un essere umano, i ragazzi sono impossibilitati a spegnere il supercomputer, a causa del legame che XANA ha creato tra se stesso ed Aelita. Jeremy decide quindi di aggiornare Lyoko, potenziando gli avatar dei compagni e creando dei veicoli che permettano loro di spostarsi più rapidamente nel mondo virtuale. Anche XANA però si è evoluto e ha dato vita ad un nuovo tipo di mostro, la Tarantula. Intanto, al collegio, oltre ad Aelita arriva un nuovo studente, William Dunbar, che si mostra subito attratto da Yumi. Nello stesso momento, Aelita trova i resti di una vecchia casa abbandonata, l'Ermitage, e lì ha delle visioni nelle quali lei appare assieme a un uomo.