Indagando sull'Ermitage, Jeremy scopre che la casa era di proprietà di Franz Hopper, un ex-insegnante della Kadic scomparso nel nulla alcuni anni prima. Inoltre, esplorando la casa, viene ritrovato un diario contenente informazioni su Lyoko, in particolare su un Quinto Settore. Nel frattempo Aelita, anche a causa dei dispetti di Sissi, si sente sempre più a disagio nel mondo reale, ed avventuratasi su Lyoko scopre casualmente il Quinto Settore, ovvero il Nucleo. Qui viene però attaccata da un nuovo mostro, lo Scyphozoa, che scansiona parte della sua memoria prima che Ulrich e gli altri intervengano a salvarla.