Aelita sviene improvvisamente e viene ricoverata in ospedale, dove lotta per sopravvivere. Anche su Lyoko accadono cose strane. Jeremy scopre che la batteria all'uranio che alimenta il supercomputer si sta esaurendo, e che nel momento in cui si scaricherà del tutto Lyoko scomparirà assieme a XANA, che finirà però per portare con sé anche Aelita. Ancora una volta, quindi, XANA e i ragazzi devono collaborare per risolvere il problema.