Si avvicina il ballo di fine anno, e alla Kadic fervono i preparativi. Nel mentre, analizzando il diario, i ragazzi scoprono che Franz Hopper aveva creato Lyoko e XANA su ordine di un'organizzazione segreta che voleva servirsene a scopi militari, e che temendo di venire ucciso aveva deciso di virtualizzarsi assieme alla figlia seppellendo tutte le prove del progetto. Si scopre inoltre che XANA non ha impiantato un virus dentro Aelita, ma al contrario ha preso qualcosa da lei, nello specifico una parte dei suoi ricordi, lasciandoli all'interno del Nucleo. Aelita è sconvolta, soprattutto quando capisce che il motivo per cui XANA ha inviato contro di lei lo Scyphozoa era per rubarle la chiave di matrice che suo padre ha messo dentro di lei, e che permetterebbe all'intelligenza artificiale di circolare liberamente per la rete.